林地区

シラカシ、コナラ、エノキ、スギなどの高木で構成された林の中には、アオキ、サンショウ、ハナイカダなどの低木と、フッキソウ、ジャノヒゲ、セリバオウレン、ホウチャクソウ、ヒトリシズカなどが生育し、林縁には、キブシ、モミジイチゴ、ウド、イカリソウなどがみられます。

草本区

シャクヤク、ボタン、マオウ、ジオウ、コガネバナ、ミシマサイコ、トウキなど漢方薬の原料となる代表的な植物、ケジギタリス、センナ、ヒロハセネガなど植物由来医薬品の原料となる植物、ハシリドコロ、チョウセンアサガオ、トウゴマなどの有毒植物、ダイコン、ゴボウ、ジャガイモなどの野菜、マリアアザミ、ムラサキバレンギク、ペパーミントなどのハーブ類、その他にもさまざまな草本植物が植栽されています。

民間薬区

温室前の道路わきの斜面を利用し、西門側には、タチジャコウソウ、ローズマリー、オレガノ、コリアンダーなどのハーブ類が、東門側には、ドクダミ、アマドコロ、シラン、シモバシラ、サルトリイバラなどが植栽されています。

水生?湿生区

水生区には、スイレン、ミクリ、ミツガシワ、コウホネ、ハス、ジュンサイ、アサザなどが、湿生区には、ザゼンソウ、イ、サジオモダカ、ショウブ、キショウブなどが植栽されています。

木本区

薬として利用される樹木が、クスノキ科（クスノキ、ホウショウ、クロモジなど）、バラ科（ウメ、アンズ、カリン、スモモなど）、ミカン科（ダイダイ、ナツミカン、ゴシュユなど）のように科ごとに植栽されています。

温室棟

温室内には、熱帯、亜熱帯の薬用植物や果樹などが植栽されています。バナナ、マンゴー、バニラ、タマリンドなどのほか、アーユルヴェーダ（インドの伝承医学）で用いられる植物（ミロバラン、ベレリカミロバラン、ユカン）、ネパール、ミャンマー、ベトナム、ブラジルなど世界各地の有用植物を観察することができます。